از جمله مهمترین اهداف این بخش :
آزمایش حوضه آبریز بر اساس مفاهیم IWRM و برنامه ریزی سیستمی جهت تنظیم منابع آب سطحی، پهنه بندی سیل، ساماندهی و حریم کمی-کیفی رودخانه، چاه ها، تالاب ها و سایر منابع آب مصنوعی و اکوهیدروسیستم ها مدلسازی عدم قطعیت سیلاب و طراحی سیستم های هشدار و پیش بینی سیل،طراحی سازه های مهندسی رودخانه به منظور مدیریت ریسک سیلاب ارزیابی زیست محیطی و مدیریت اکوهیدروسیستم ها
